品不足の理由は原料の供給不足です。
フラッシュの供給不足の理由は、昨秋から年末にかけて各記事に取り上げられていた通り、そもそものNANDの不足、NANDフラッシュの技術的な移行(2D→3D)途中での歩留り悪化、これらが主たる要因です。

そこに下記噂が負のスパイラルに拍車をかけているようです。
iPhone 10周年記念モデルが期待されていて、
サプライチェーンが3月から動き(いつもより2ヶ月早い)、2017年内1.1億台生産するという噂

このようにいくつかの要因が重なり供給不足が深刻化していく予測です。
今はUSBフラッシュメモリだけがひっ迫しておりますが、
SD,microSDへ近いうちに波及してくる可能性があります。